اين بخش به لحاظ تعداد آثار و برخورداري از شيوه هاي ممتاز هنر «كتاب آرايي» مانند تذهيب، تجليد و خوشنويسي اهميت بسيار زيادي دارد. برخي از قرآن هاي موزه در قرون آغازين حيات اسلام؛ يعني در قرن دوم و سوم همزمان با حكومت خلفاي عباسي كتابت شده و برخي نيز در ساير ادوار اسلامي، مصادف با دوره ي حكومت آل بويه، سلجوقيان، ايلخانيان، تيموريان، صفويان و قاجاريه كتابت شده است.

قديمي ترين قرآن موزه در سال 198 ق. نوشته شده و در آغاز آن، نام مأمون ـ خليفه عباسي ـ مشهود است. بعضي از قرآن ها روي پوست، برخي روي پارچه و مابقي روي انواع كاغذ نوشته شده است.

قرآن هاي موزه عمدتا به خط كوفي، ثلث، نسخ، محقق و ريحان مي باشد كه برخي، ابتدا تا انتها به يك شيوه از خط خوشنويسي و تعدادي ديگر به شكل توأمان نويسي، كتابت شده است.

اكثر آيات قرآن با مركب مشكي و برخي ديگر نيز با آب طلا و رنگ لاجوردي نگاشته شده است.

بخشي از قرآن هاي موزه داراي ترجمه فارسي است كه در بعضي از آنها همزمان با كتابت متن آيات، نگارش ترجمه نيز به دنبال آن انجام پذيرفته ولي در برخي از نسخه ها پس از سپري شدن مدت زماني طولاني ترجمه فارسي به خط نسخ يا نستعليق بر آن افزوده شده كه تنوع سبك «ترجمه» در دوره ها و قرون مختلف ـ كه بيانگر سير تاريخي تحول زبان و ادب پارسي است ـ از نكات حائز اهميت در قرآن هاي ترجمه شده مي باشد.

در اين بخش، آثار ارزشمندي از خطاطان ادوار اسلامي همچون: ميرزا احمد نيريزي، فيض الله لاهوري، شمس الدين عبدالله، دوست محمد بن سليمان الهروي و علي نقي بن محمد كبير رباني، موجود مي باشد.

اكثر صفحات قرآن ها با بهره گيري از هنر زيبا، ظريف و پركار «تذهيب» مزين شده و با استفاده از نقوش زيباي گل و بوته اسليمي، تُرَنج، سرترنج، لچك ترنج، شمسه و شرفه، جدول كشي و كمند زرين، زنجيره و به كمك انواع رنگها مانند لاجورد، شنجرف و طلا به شيوه اي بسيار زيبا و دل انگيز آراسته شده است.

قرآن هاي موزه عمدتا داراي انواع جلدهاي زيبا شامل جلد چرمي ساده، چرمي سوخت ضربي، سوخت معرق، جلد طلاكوب، جلد روغني (لاكي) با تزئينات گل و مرغ و بوته و همچنين برخي قرآنها داراي جلد طلاپوش با سرطبل مي باشد.