عمارت دوم در قرن دهم هجري توسط شاه اسماعيل صفوي پس از فتح بغداد انجام گشت كه در آن هنگام قسمتي هم جهت سكونت زائرين اين آستانه بنا شد.

از اين قرن به بعد آستانه ي سيد محمد عليه السلام رفته رفته روي به عمران و آبادي نهاد و تمامي زائريني كه قصد زيارت سامرا را داشتند از اين آستانه زيارت كرده و در آنجا توقف مي نمودند.