رخنه انديشه هاي نادرست در ميان برخي از اين تشكيلات با بهره گيري دولتي ها از نفوذي ها اين خطر را داشت كه در آينده هيچ اثري از تفكرات نظام ولايي باقي نماند. با اين همه، درايت امام (ع) موجب شد تا آن حضرت بتواند با استفاده از شيوه هاي مختلف، ارتباط با تشكيلات را حفظ كند. از جمله ي اين شيوه هاي ارتباطي نگارش رساله هايي براي دوستان و فرماندهان تشكيلاتي بود. از اين رو رساله هاي بسياري از ايشان و هم امام هادي (ع) وجود دارد. هريك از اين رساله ها حاوي عناصر مهمي هستند كه بازخواني آن ها مي تواند وضعيت عصر آغاز غيبت را بشناساند و راهكارهاي مبارزه با دشمنان در جوامع بسته را به شيعيان بياموزاند.

از جمله ي اين نامه ها مي توان به رساله ي آن حضرت به اسحاق نيشابوري اشاره كرد. اين نامه حاوي مطالب مختلفي است. آن حضرت (ع) در اين نامه خوش حالي خويش را از اين كه شيعياني هنوز هستند كه نظام ولايي و اهداف رسالت پيامبر (ص) را حفظ كرده اند بيان مي دارد و براي آنان دعا مي كند تا در دنيا و آخرت از عنايت خاص خداوند بهره مند گردند.

آن چه دراين نامه بيشتر از هرچيز مشهود است دغدغه ي آن حضرت از وجود اختلاف ميان اعضاي تشكيلات شيعه است. اين اختلافات مي تواند تشكيلات را آشكار سازد و منابع تغذيه ي مادي و فكري آنان را لو دهد. از اين رو هشدارهايي مي دهد و از رهبران تشكيلات و وكيلان خويش مي خواهد كه با مديريت درست آن را مهار و كنترل كنند. اين اختلافات مي تواند در حوزه هاي عقيدتي و يا اجرايي پيش آيد كه بي مديريت بحران نمي توان اميدي به بقاي تشكيلات و سازمان هاي مخفي شيعه داشت. به نظر مي رسد كساني كه داراي افكار و اهداف پليدي بودند مي خواستند با نفوذ در سازمان هاي شيعي، آنان را از اهداف و رسالت اصلي خويش دور سازند. بسياري از ايشان جريان نفوذي بودند كه از سوي دولت مردان بسيج شده بودند. البته بازداشت خانگي امامان (ع) در پادگان نظامي سامره خود عاملي مهم در اين عدم ارتباط ميان امام (ع) و مسئولان سازمان هاي شيعي و در نهايت راه يابي برخي از افكار منحرف در ميان آنان بود البته ناگفته نماند كه برخي از وكيلان و خرده رهبران با توجه به علل مختلف، خود عاملي مهم در تخريب سازمان هاي شيعي بودند. از آن جمله مي توان به كساني اشاره كرد كه به سبب عدم معرفي از سوي امام (ع) براي رهبري جامعه، از روي حسادت و خودخواهي عامل بحران مي شدند. چنان كه پيش از اين بارها ابوحمزه هاي بطائني تنها براي درهم و دينارهايي كه در اختيار ايشان قرارگرفته بود به مخالفت هاي صريح به امامت و امام روي آورده بودند.