فلما فرغوا من تجهيزه بعث الخليفة الي عيسي بن المتوكل أخيه بالصلاة عليه، فلما وضعت الجنازة للصلاة دنا عيسي منه، و كشف عن وجهه و عرضه علي بني هاشم من العلوية و العباسية و علي القضاة و الكتاب و المعدلين، فقال: هذا أبومحمد العسكري، مات حتف أنفه علي فراشه، و حضره من خدام أميرالمؤمنين فلان و فلان، ثم غطي وجهه و صلي عليه و أمر بحمله و دفنه.

و كانت وفاة أبي محمد الحسن بن علي بسر من رأي في يوم الجمعة لثمان خلون من شهر ربيع الأول سنة 260 للهجرة، و دفن في البيت الذي دفن فيه أبوه بدارهما من سر من رأي و له يومئذ من العمر 28 سنة [1] .

و هكذا كان موته أعظم خسارة مني بها المسلمون في ذلك العصر. فقد فقدوا القائد و الموجه و المصلح الذي كان يحنو علي ضعفائهم و أيتامهم و فقرائهم، و ارتفعت الصيحة من دار الامام و علت أصوات العلويات و العلويين بالنحيب و البكاء.