تاريخ نگاران بعد از آن كه اتفاق نظر دارند وي از علويان نبوده، در خصوص اصل و نسب او اختلاف نظر دارند. ابن كثير گفته است: «رهبر زنگيان مدعي شده كه وي علي بن محمد بن احمد بن عيسي بن زيد بن علي بن حسين بن علي بن ابي طالب است، ولي به دروغ چنين ادعايي كرده است، بلكه او فردي مزدور از قبيله ي عبدالقيس بوده كه نامش علي بن محمد بن عبدالرحيم و مادرش «قره» دختر علي بن رحيب بن محمد بن حكيم، از بني اسد بن خزيمه و اصل وي از يكي از روستاهاي ري بوده است» [1] .

مسعودي مي گويد: «بيشتر مردم مي گويند: پدري براي او نشناخته اند و خاندان ابوطالب انتساب او را مردود مي دانستند. وي از روستاي «ورزنين» از توابع ري بوده است» [2] .

و ابن ابي الحديد او را چنين معرفي مي كند: «بيشتر مردم نسب او را مخدوش دانسته اند، به ويژه طالبيين. همه ي نسب شناسان بر اين عقيده اند كه او فردي از قبيله ي عبدالقيس بوده به نام علي بن محمد بن عبدالرحيم و مادرش از قبيله ي اسد بن خزيمه است و جد مادريش محمد بن حكيم اسدي از مردم كوفه و يكي از شورشياني بود كه با زيد بن علي بن حسين عليه السلام بر هشام بن عبدالملك شوريد. آنگاه كه زيد كشته شد، وي گريخت و خود را به ري رساند و به روستاي «ورزنين» رفت و چندي در آن جا اقامت گزيد. و در همين روستا علي بن محمد، رهبر زنگيان (صاحب الزنج) متولد شد و به حد رشد رسيد اما عبدالرحيم پدربزرگ وي، از قبيله ي عبدالقيس و زادگاهش طالقان بود. سپس به عراق آمد و در آن جا كنيزكي از مردم سند خريد و محمد پدر علي از او متولد شد [3] . گفته شده كه خود او نيز خويشتن را به چهار تن از علويان نسبت داده است كه عبارتند از:

1) علي بن محمد بن فضل بن حسين بن عبدالله بن عباس بن علي بن ابي طالب عليه السلام [4] اين ادعا و نسبت، هنگام شورش وي در نجدين بوده است.

2) او ادعا كرد كه وي همان ابوالحسين، يحيي بن عمر است كه در حوالي كوفه كشته شد [5] او زماني كه در اطراف بصره دست به شورش زد، چنين نسبي را براي خود جعل كرد.

3) آنگاه كه رهسپار بغداد شد و در آن جا اقامت گزيد خود را به محمد بن احمد بن عيسي بن زيد، نسبت داد [6] .

4) و زماني كه علويان ساكن بصره بدو گرويدند، خويش را به يحيي بن زيد عليه السلام نسبت داد [7] .