از امور مهمي كه شايان بحث و تحقيق است، انحرافات فكري و بدعت هايي بود كه در دوران آن حضرت، در مجامع به وجود آمد. نگهداري امام عليه السلام در سامرا در نزديكي قلمرو جاسوسان حاكم و دور كردن آن بزرگوار از مجالس و محافل امت، بيشترين تأثير را در خالي شدن ميدان براي نشر انديشه ها و اعتقادات فاسد و مسلك هاي باطلي كه در دوران آن بزرگوار پديد آمده بود، داشت، ولي امام عليه السلام با وجود اين كه در سامرا نگهداري مي شد و همواره تحت نظر عوامل حكومت ستمكار وقت بود، توانست با ايستادگي در مقابل آن انحرافات و بدعت هاي اعتقادي و فكري، نقش خود را به طور كامل ايفا نمايد، تا به گفته ي جد بزرگوارش رسول اكرم صلي الله عليه و آله عمل كند. آن حضرت فرموده بود: «پس از من هر گاه به ترديدكنندگان و بدعت گذاران برخورديد، از آنان بيزاري جسته و آنها را به باد نفرين و ناسزا بگيريد و آنها را از چشم مردم بيندازيد تا راه بدعت گذاري و انحراف در اسلام را پيش نگيرند».