شيخ طوسي او را از وكلاي مورد ستايش شمرده و مي گويد: «وي دانشمند و مورد رضايت و از وكلاي ابوالحسن (امام هادي) و ابومحمد (امام عسكري) عليهماالسلام بوده است» [1] .

شيخ او را در رجال، جايي در زمره ي اصحاب و ياران امام هادي عليه السلام شمرده و مي گويد: «علي بن جعفر، وكيل و ثقه و مورد اعتماد بوده است» [2] و در جايي ديگر، او را از ياران امام عسكري عليه السلام خوانده و مي گويد: «علي بن جعفر سرپرست امور مربوط به امام هادي عليه السلام و شخصي مورد اعتماد بوده است» [3] .

در رجال كشي به نقل از محمد بن مسعود آمده است: «يوسف بن سخت گفته است: علي بن جعفر، وكيل ابوالحسن (امام هادي) عليه السلام و از اهالي «همينيا» از روستاهاي اطراف بغداد بود. نزد متوكل از او سعايت شد و متوكل او را به زندان افكند. روزگاري دراز در زندان بود. به ناچار با صرف مبلغ سه هزار دينار، عبدالله بن خاقان را به وساطت خواست تا براي آزادي او تلاش كند. عبدالله نيز در اين زمينه با متوكل گفت و گو كرد. متوكل گفت: اي عبدالله، اگر در تو ترديد داشتم، قطعاً مي گفتم تو رافضي هستي.

اين مرد، وكيل فلاني (امام هادي) است و من تصميم گرفته ام او را بكشم. او مي گويد: اين خبر به علي بن جعفر رسيد. او به ابوالحسن (امام هادي) عليه السلام نوشت: مولاي من، خدا را، خدا را، مرا درياب. به خدا سوگند، بيم دارم متزلزل و مردد گردم. امام در پاسخ مرقوم فرمود: حالا كه مي بينم وضع تو به اين حد رسيده است، براي رهايي تو رو به درگاه خدا مي نهم. اين نامه در شب جمعه به دست او رسيد و صبح جمعه متوكل بيمار شد و بيماري او شدت يافت و در روز دوشنبه به اوج خود رسيد.

لذا دستور داد همه ي زندانياني را كه نامشان بر او عرضه مي شود، آزاد كنند تا آن كه به نام علي بن جعفر رسيدند. از عبدالله پرسيد: چرا ديگر درباره ي او با من سخن نگفتي؟ عبدالله گفت: ديگر از او يادي نخواهم كرد. سپس دستور داد او را آزاد كنند و از او حليت بطلبند. علي نيز به دستور امام هادي به مكه رفت و در آن جا اقامت گزيد و متوكل بهبود يافت» [4] .