آن روزها با وجود آستان قدس عسكريين عليهماالسلام و با آن همه پيشينه ي تاريخي و... سرزمين سامرا به بوته ي فراموشي سپرده شده بود و تنها به عنوان يك شهر تاريخي و كهن، اسمي از آن مطرح بود و بس. شهري كه روزگاري سه امام معصوم عليهم السلام را در برداشت و اسمش زينت بخش محافل محدثان و فقيهان بزرگ گشته و شهرتش زمين و زمان را در نورديده بود، آن روزها جز نام از آن خبري نبود، سرزميني كه در گذشته ي درخشان خود با نام «ناحيه ي مقدسه» اسمش ورد زبان ها بود و كوچه عسكرش كوي دلدادگان و آزادگان، و كعبه ي كمال جويان و حقيقت طلبان گرديده بود و هميشه چشم ها از هر سوي و ديار به آنجا دوخته و همه منتظر كه تازه چه خبر يا حديث و روايتي از آن شهر بزرگ خواهد رسيد و... با وجود اين همه پيشينه پاك و تابناك، آن روزها از سامراي قديم صحبتي در ميان نبود و ديگر سامرا را كسي ناحيه ي مقدسه نمي خواند، بلكه شهري در دست اغيار اسير بود. حريم مقدس عسكريين عليهماالسلام خراب آباد گدايان و سيه بختان شده بود، چنان كه گداي سامرا در زبان ها مثل گشت و مشكل مي شد كسي يافت كه از اين همه غربت و غم، قصه اي در دل نداشته باشد. غبار اين غربت چشم هاي شيعيان را آزار مي داد تا اين كه سيد جليلي از فقيهان نامدار، قيام كرد و با هجرت خويش از نجف به سامرا شهر را دوباره احيا كرد و غبار غربت از گنبد ملكوتي عسكريين عليهماالسلام زدود و ديده ي ديده وران را معطوف آن آستان مقدس ساخت و به پاس اين بزرگداشت چه توفيق هاي بزرگي كه خدا رفيقش ساخت، چنان كه نام ميرزاي بزرگ شيرازي جاودانه شد و يادش تا ابد زنده و پايدار ماند. هر آن كه جانب اهل خدا نگه دارد خداش در همه حال از بلا نگه دارد حديث دوست نگويم مگر به حضرت دوست كه آشنا سخن نگه دارد [1] .

ميرزاي بزرگ كه به حق مجدد مذهب ناميده شده است و هميشه دل به سوي حضرت دوست داشت و خود را جز غلام خانه زاد حضرت مهدي عجل الله تعالي فرجه الشريف نمي دانست. ديار دلدار را خانه ي خويش ساخت، در حقيقت او نبود كه به سوي سامرا مي شتافت، بلكه دل پاك و ضمير روشن و آيينه زلال درونش بود كه او را به كوي دلبر مي كشيد و بر خلاف كوته نظراني كه اين كار را براي او ضايع كردن خويش مي دانستند.

او فكري ديگر و عشقي برتر و بالاتر از اين حرف ها داشت. آنهايي كه در دايره ي تنگ و تاريك مقام جويي و رياست طلبي بودند نمي توانستند اين هجرت ميرزا را بفهمند و مجبور بودند كه بگويند: آقا چرا نجف را ترك مي كنيد اينجا باشيد براي شما بهتر است، حوزه ي نجف بزرگ است و شما را بزرگ مي كند، چرا حوزه ي به اين بزرگي را ترك مي كنيد و به سامرا مي رويد، شهري كه بيشتر مردمش سني مذهب اند و از اين قبيل مقوله ها. اما ميرزاي بزرگ، كه دلش با مهر مهدي (روحي و ارواح العالمين لتراب مقدمه الفداء) مهد نور و فضيلت، خانه خير و خلوص بود، در سر سوداي عشق داشت و بس. و نمي توانست آستان قدس عسكريين عليهماالسلام و ناحيه ي مقدسه را در غربت ببيند و آرام نشيند، تنها به راه افتاد و ديار دوست را در پيش گرفت و رفت.

رفت كه معتكف ديار دلبر گردد و در سايه ي اين اعتكاف، اشتياق دل را به وصالش برساند تا بتواند در سايه سار الطاف حضرت عسكريين عليهماالسلام و مولا امام مهدي عجل الله تعالي فرجه الشريف فلك را سقف بشكافد و طرحي نو دراندازد. در خصوص سامراي پيش از ميرزا رحمه الله و تأثير اين هجرت در ساختار اجتماعي و فرهنگي آن شهر، چنين مي نويسند: ورود ميرزا به ديار عسكريين عليهماالسلام، به آن حيات علمي و فرهنگي بخشيد و روح تازه اي در كالبد اين شهر غريب و مظلوم، دميد، قبل از آن، سامرا در انحصار اهل سنت بود. ميداني بود براي رقابت عشاير و تعصبات قبايل. شيعه و زوار امامان امنيت نداشتند و جوار حضرت امام هادي و امام حسن عسكري عليهماالسلام با فرهنگ شيعي و علوم آن بيگانه بود. آمدن ميرزا سبب شد كه اين شهر از الطاف الهي بهرمند شود و جويباري عظيم، از نهر جاري حوزه و ميراث عظيم آن، در اين شهر جريان يابد. طلاب گروه گروه از اقطار عالم اسلام براي كسب دانش به سرزمين مقدس عسكريين عليهماالسلام سرازير شدند.

محافل علمي و مدارس آيات در آن بر پا شد تا جايي كه به گفته ي مرحوم حرزالدين: «هجرت به سامرا در ايام ميرزا، در عرض هجرت به نجف معمول شد و تدريس دروس مقدمات و علوم عالي، علاوه بر درس ميرزا، فراوان شد». به تعبير تذكره نويس و مورخ بزرگ شيعي، مرحوم سيد محسن امين: «انتقل المركز العلمي اليها علي عهد الميرزا سيد محمد حسن الشيرازي». در ايام ميرزا مركز علمي به سامرا انتقال يافت، در نتيجه، سامرا به پرورش گاه بزرگان علم و ادب و حديث و فلسفه تبديل شد. «فقد كانت سامراء يومئذ مركزا علميا ربي العباقره و زعماء العلم و خرج النوابغ و أساطين الدين». سامرا به مركزي علمي و فرهنگي تبديل شد كه نوابغ بزرگ و بزرگان دانش را تربيت كرده و نوابغ و استوانه هاي دين از آن فارغ التحصيل شدند [2] .

تنها برد در اين كه چرا مجدد شيرازي از نجف به سامرا هجرت كرد؟ سخن زياد است و مي توان گفت، ميرزاي بزرگ از اين هجرت اهداف چندي را در نظر داشت از آن جمله است:

1 - اسكان شيعه در سامرا، با توجه به اين كه سامرا، مدفن عسكريين عليهماالسلام و منزل آن بزرگواران مي باشد و خيلي چيزها كه مورد علاقه و احترام شيعه است در آن جا قرار دارد، مرحوم ميرزا سعي كرد كه شيعيان در آن مكان، اسكان بيابند.

2 - تبليغ تشيع در نواحي عراق.

3 - تقريب بين شيعه و سني [3] .

4 - اجتناب از رياست و مرجعيت، در اين خصوص مي نويسند: «او آن قدر از رياست و زعامت پرهيز داشت كه بارها سوگند ياد مي كرد كه هيچ گاه به فكرم خطور نمي كرد كه روزي مرجع ديني مردم باشم، حتي يكي از علل هجرت او از نجف به سامرا را دوري از نجف و از رياست و مرجعيت ذكر كرده اند» [4] .

5 - عشق اهل بيت عصمت و طهارت عليهم السلام، به ويژه به حضرت عسكريين عليهماالسلام و مهر مهدي صلوات الله عليه دل ميرزا را به سوي سامرا معطوف داشته و وي را به آن ديار كشيد.